超滤膜组件长期使用运行过程中，膜表面会被它截留的各种有害杂质所覆盖而形成滤饼层，甚至膜孔也会被更为细小的杂质堵塞，使水的透膜压力增大。原水预处理质量的好坏，只能解决膜被污染速度的快慢问题。而无法从根本上解决污染问题。即使预处理再彻底，水中极少数的杂质也会因日积月累而使膜的分离性能逐渐受到影响，因此，超滤系统都配备清洗系统。清洗膜的方法可分物理方法和化学方法两大类。
A． 物理清洗
利用机械的力量，来剥离膜面污染物。整个清洗过程不发生任何化学反应。
正压冲洗：用进水泵作为正冲洗动力，开启膜组件浓水口阀，关闭膜组件产水口阀，以低压力、大流量进行冲洗。
反冲洗法： 用专用的反洗水泵，作为反冲洗动力，将冲洗水从膜组件产水口进入，从浓水口流出，控制较低的操作压力（一般≤0.2MPa），以防受过高内压，导致膜组件内膜丝爆裂。
B． 化学清洗
利用某种化学药品与膜面污染物发生化学反应来达到清洗膜的目的，选择化学药品原则：
△ 不能与膜及其他组件材质发生任何化学反应；
△ 不能因为使用化学药品而引起二次污染。
超滤清洗过程
       清洗是几种清洗模式并包括至少一次加药的组合。通常包括反洗，快冲及化学清洗。这些步骤的组合由应用情况的不同来决定。在预处理的应用上有最大的不确定性。
1) 反洗程序
        这是中空超滤所特有的非常有效的手段。在此程序中加压的透过液从产水口透过膜支持，膜体而进入原水进/出口，水流方向与生产时相反，固称为反洗。上下原水口可交错排液。超滤产水水质的水可用于反洗。由于反洗水带进的悬浮物将会聚集在支撑结构内而随后不断释放出颗粒，细菌及TOC 等，故原水不适合作反洗水。
        膜产品设有化学加强反洗（即分散洗），即在反洗时开启加药计量泵，加入化学清洗剂。然后按预定的时间进行浸泡，最后将化学清洗剂冲净。化学加强反洗通常在进行数次反冲洗后，进行一次，不必经常进行。
化学加强反洗，仅在进行了反冲洗后膜两端的过滤压降仍然达到了预定值后，或者在预先设定的较长的反洗次数以后。所使用的化学清洗剂是一些常规化学药剂的混合物，包括次氯酸钠、酸、碱等，可以非常容易的处理掉泥饼层。
2) 化学加强反洗
        第二种化学清洗，加药是一种很好的方法，当化学清洗时液体打回清洗槽而循环时，此模式又称为化学循环清洗。由于清洗液体接触膜的时间较长，一方面通过膜表面的高流体剪力来达到清洗的目的，另一方面由于此程序产水口是关闭的,故一般的膜芯会同时有反洗的效果（进出口水压差造成），交错方向的快冲会使清洗更为有效。
        所加药剂将由污物的种类来决定。总的来说，药剂与污物接触时间越长，清洗效果就越好
3) 清洗药剂
根据进入膜系统的过滤溶液的性质，可以选择以下清洗剂：
NaOCl（Active Chlorine）    最大200 ppm，最高40℃，最长30min/day
NaOH                        pH≤12
HCl                         pH≥1 (或柠檬酸2 wt%)
       注：以上数据的选用仅仅是在实际中较常见的，不同水质及膜产品对药剂的选择及相应运用参数各有不同的要求。
      建议清洗或消毒时将pH值限制在1-12之间，温度不超过40℃。化学药品的清洗时间一般需5～60分钟。化学清洗频率高的取低值，污染较重的取高值。如果标准的清洗方法不能有效地去除污垢，可以尝试浓度更高的清洗方法。